房贷扣款余额不足补上后会第二次扣款，但一定要在扣款日24点前补足差额。在房贷还款日当天，银行系统会多次进行扣款，第一次扣款失败的话会进行第二次扣款，直到房贷扣满为止。建议还款人提前1-2天将金额转入银行卡中，这样可以避免因为还款高峰期而导致系统自动扣款失败，从而造成贷款逾期影响个人信用。
在绑定了银行卡，和银行签订自动扣款协议之后，银行系统就是会在还款日的时候自动从还款卡里扣款来用作还款的。而银行系统扣款的时间一般是不固定的。不同的银行，扣款的时间也可能不同。不过通常都会在还款日当天扣两次，一次是在早上，一次是在晚上。且都会在还款日当天晚上24点之前完成扣款。
而早上进行扣款的时间，大多数银行都是在凌晨的0点到6点之间；而晚上进行扣款的时间，则一般会在19点左右，可能从17点到21点不等。如果遇上特殊情况的话，就可能会有延迟。
所以最后提前还款，如果提前还款打算的话，就一定要注意先和银行预约，预约时间一般需要在借款期内、贷款发放满一年以后，经银行同意，可书面申请提前归还部分或全部贷款。一般银行办理业务需要2-7个工作日时间。各家银行对于提前还贷的规定彼此各不相同，贷款人在决定提前还贷前务必弄清贷款银行的操作流程。
