5元100股股票手续费是12元。根据上海证券交易所和深圳证券交易所证券交易经手费收费标准，股票的手续费是以下这三项，具体算法如下：
1、印花税，只有买入时征收，卖出时不征收都是0.1%，但不足5元按5元收，比如只买100股五元股票，印花税只有539x0.1%=0.539，但也要收5元。
2、佣金，佣金是买入和卖出时都要征收，但有上限是0.3%每次，按用户购买的的资金量预估，是按最高征收0.3%，所以539x0.3%=1.6，同样也要收5元，卖出时也要5元。
3、过户费，每1000股收1元，不足1元按1元收，要买卖时都征收，因此500股总共2元，手续费总共是5+5+2=12元。
买卖股票的手续费是按股票的成交金额来计算的，不是按照成交的股数来计算的，现在证券公司的手续费一般能低到万分之三，也就是一万元成交额可以交手续费三元，但门槛值是五元，也就是手续费算出来低于五元的，都按五元交，手续费算出来高于五元的，按算出来的金额交。
股票手续费通常是由佣金、印花税、过户费组成的，印花税和过户费是由国家制定的固定的，佣金是由投资者和证券公司共同协商决定，每个人的佣金可能不一样，所以佣金没有一个固定的标准，需要在知道佣金以及股票价格的基础上才能得出手续费是多少。
用户需注意，同一类别的每一份股票所代表的公司所有权是相等的。每个股东所拥有的公司所有权份额的大小，取决于其持有的股票数量占公司总股本的比重。
