支付宝可以缴纳农村合作医疗，在支付宝缴纳农村合作医疗与在地方社保部门缴纳农村合作医疗的实际效果是一样的，都可以按照所在地医保目录正常享受医保报销服务。
支付宝交农村合作医疗保险步骤如下：
一、首先打开支付宝，在搜索框输入社保，在弹出的内容当中选择缴费人所在城市的社保服务，并点击进入。
二、点击社保服务之后进入社保缴费页面，在页面中找到自然人社保征收选项并点击。点开自然人社保征收后找到城乡居民医疗选项，点击并进入。
三、点开【城乡居民医疗】，输入身份信息，给别人代交的话输入别人信息。此处需要保证输入的包含个人姓名、年龄、身份证号和社会福利保障卡号在内的全部信息准确无误且真实有效，否则将有可能影响到后面享受农村合作医疗保险的费用报销。如果是代替他人交费，则需要填写包含缴费人与代缴人在内的全部身份信息。在如实填写完全部信息后，输入手机号和银行卡号，进行交费就可以了。
就一般意义上来讲，医保个人缴费的原则首先需要各统筹地区要确定一个适合当地职工负担水平的个人基本医疗保险缴费率，一般为工资收入的2%。其次，由个人以本人工资收入为基数，按规定的当地个人缴费率缴纳基本医疗保险费。个人缴费基数应按国家统计局规定的工资收入统计口径为基数，即以全部工资性收入，包括各类奖金、劳动收入和实物收入等所有工资性收入为基数，乘以规定的个人缴费率，即为本人应缴纳的基本医疗保险费。第三，个人缴费一般不需个人到社会保险经办机构去缴纳，而是由单位从工资中代扣代缴。
