会的。
房贷扣款余额不足，如果补上金额，系统是会进行第二次扣款的。
当银行卡余额不足以支付房贷时，系统会优先扣除银行卡当前余额，然后贷款人可以将剩余部分金额打入银行卡，等待系统第二次自动扣款。
建议还款人在扣款日前按还款协议把款项存入还款账户，如条件方便，可在还款日查询一下账户余额是否足够房贷扣款，以免延迟扣款后产生滞纳金并影响个人信用。还款人提前1-2天将足额的金额转入银行卡中，这样可以避免因为还款高峰期而导致系统自动扣款，从而造成贷款逾期的现象。
扣款的方式有两种情况：
1、如果是住房公积金贷款，当日扣款没有全额扣款，又另外存款后，只能等到下月扣款日才能把未扣完款项扣全，住房公积金贷款手动操作扣款，不是批量扣款。一次迟还不影响信用。
2、如果是银行按揭贷款，第二天就会把欠款扣完了。偶尔一次迟还一天不会影响信用。银行房贷扣款属于批量扣款，还款人应该尽量在扣款日17点之前把款存入账户。
关于房贷扣款详细：
1、需要开一个银行的银行卡，申请贷款时把这个银行卡账号告诉银行，银行会绑定成还款账户。
2、银行会每月自动就从该账户里面扣款。
3、需要保证该银行卡里面有足够的钱可扣款。
比如在招行贷款，需要与贷款经办行核实。招行贷款提交申请资料齐全，审批时间大约15个工作日左右，因为中间涉及评估、办理抵押登记等环节，每个客户情况会有差异；贷款具体的放款时间、能否取消等相关信息，直接联系经办网点或贷款客户经理确认。
