二者资金来源，转移资金的方法和获取非法收益的目的不同这些方面不同。二者有区别但也有联系，恐怖融资又是与洗钱相关联的，一部分犯罪收益在清洗后，可以作为恐怖活动的资金，具体的区别如下:
1.资金来源的区别：
洗钱活动一定有其相关联的上游犯罪活动存在，没有上游犯罪产生的犯罪收益，就不会有洗钱活动的存在，即洗钱活动中的清洗对象是犯罪收益。 然而恐怖融资的资金只有一小部分是来源于传统的犯罪活动。
2.获取非法收益的目的不同：
洗钱活动的最终目的是让非法的犯罪所得及其收益获得表面上的合法性，掩饰、隐瞒或消灭犯罪证据及追索的线索，但是恐怖融资只是达到某些目标的一个手段。
3.转移资金的方法不同：
洗钱的主要途径是通过金融机构，通过强化金融机构的反洗钱职责，特别是实施金融交易报告制度，可以有效地防范洗钱活动。
相反的是，恐怖分子经常利用的非正规的资金转移方式包括大额现金运输、利用货币服务行业等。
另外，恐怖融资包括为恐怖活动、恐怖分子和恐怖组织筹措资金，是恐怖主义组织为了筹集保障其生存、发展、壮大和从事恐怖主义活动所需的资金而进行的资金融通活动。恐怖融资是恐怖主义生存和发展的前提，没有资金的支持，恐怖主义也会无法生成下去。
