1、小规模纳税人正常履行纳税义务，经由相关税务机关批准之后，纳税人的销售货物或者应税劳务可以通过税务机关代开相关的增值税专用发票；
2、税务部门需要将代开发票的情况整理成册以备审查。对于销卖免税商品或者将商品及应税劳务出售给消费者以及小额销售的纳税人不允许代开增值税专用发票；
3、办理代开增值税专用发票之前，纳税人需要到税务局临时申报应纳税额，之后携带税务部门发放的税收缴款书到开户银行办理税款入库。只有带有已盖银行转讫章的纳税凭证，税务部门才会办理代开业务；没有正常缴纳税款、履行纳税义务的纳税人不能申请代开增值税专用发票；
4、税务部门在办理代开增值税专用发票的业务时，需要在发票单价栏以及金额栏分别填写不包含其应纳税额的货物单价以及销售额，税率写为增值收率4%或者6%，税额写为纳税人应纳税额。此外，纳税人在获取已代开的增值税专用发票之后，需要在上面的税额栏填写为其进项税额。
以上为税务机关代开增值税专用发票的规定。值得一提的是，按照国家规定，小规模纳税人是不允许领取使用增值税专用发票的，但因为国家照顾该纳税人群体的利益，所以税法规定增值税专用发票可以由税务机关代开。
小规模纳税人申请代开增值税发票流程
1、在办税服务处指定窗口上交《代开增值税发票缴纳税款申报单》；
2、自然人进行代开发票的申请时，需要提供办理人的中华人民共和国居民身份证证件以及其正反面复印件。此外，当其他纳税人进行相关申请时，则需要准备具有社会信用代码的营业执照、税务登记证或者组织机构代码证以及经办人身份证（包括复印件）；
3、办理人继续在该办税服务厅的服务窗口申请并且缴纳增值税等相关税务费用；
4、办理人即可以在该办税服务厅的同一个服务窗口拿到相应的发票。
