自然灾害保险公司是否赔偿要根据实际情况而定。通常情况下，属于财险理赔范围的有：火灾；爆炸（不包括锅炉爆炸）；雷电；飓风、台风、风暴、龙卷风；暴雨、洪水；冰雹；地崩、山崩、雪崩；火山爆发；地面下陷下沉等，地震被排除在大多数财险的赔偿范围之外。
保险公司针对自然灾害不赔的范畴为：
1、擅自启动浸水车辆。如果在暴雨时出行，前方道路积满了水，此时如果打火前行，造成发动机报废，保险公司拒绝赔偿。倘若居住的地方经常出现“水浸街”，建议为车辆投保“涉水险”，并去了解当地的保险公司有哪些险种可赔偿这种灾害。这样一旦行驶过程中遭遇水浸，可由“涉水险”赔付，使自己的损失降到最低。不过，擅自启动浸水车辆导致汽车排气管进水，使发动机受损的情况不包含在其中。
2、因地震造成的车辆损失。受技术和机制约束，并且地震的涉及面之大和赔偿金额远远超出保险公司的理赔能力，所以因地震造成的车辆损失暂时不在理赔范围内。目前没有一间保险公司有哪些险种可对地震造成车辆损失进行赔付。
在自然灾害发生后，保险公司要做的工作从大致方面有：
1、要确认灾情和受灾的对象。这个要借助于对实际情况的勘察、数据的掌握以及原有数据情况进行比对。
2、根据政府部门掌握的情况和各个途径掌握的情况对比。比如说在地震后把灾区政府部门的名单和保险公司自身名单进行对比。
3、通过一系列的服务活动和广泛的信息以及代理人各个方面的联系来了解这些被保人员的受损情况。
