根据不同保险类别，缴费的比例不同。
企业补充医疗保险是基本医疗保险的有力补充，也是层次医疗保障体系的重要组成部分。保险的缴费比例是多少则需要根据以下的规定来确定。具体如下：
补充医疗保险主要是由单位自行办理的，可以按照单位职工的工资总额的4%为计提，税前列支，有单位的会开设专业户进行管理，实行专款专用。根据规定，企业按照国家统一为职工缴纳的五险一金的费用，准予扣除，企业为职工支付的补充医疗保险的费用，补充养老保险费用，在国家财务部规定的范围和标准内是可以准予扣除的。
其中，企业补充医疗保险的资金是有企业和行业集中使用和管理，主要用于本企业个人负担较重的退休人员和职工的医药费用补助，不得划入基本医疗保险的个人账户中，也不得另行建立个人账户或用于职工其他方面的开支。
所以，只要符合医疗保险规定的，企业为本企业任职或受雇的全体员工支付的补充医疗保险的费用，在不超过职工工资总额的5%标准内的部分，在计算应纳税所得额便可以扣除。
各个缴费比例如下:
(1)住院补充保险，缴费率0.8%。
(2)门诊慢性病补充保险，缴费率1.3%。
(3)特定项目补充保险，缴费率0.4%。
(4)基本医疗个人帐户补充保险，缴费率0.6%。
各个单位可根据各自的经济承受能力及原医疗待遇水平，以顺序分项方式选择适合的保险项目，即参加前序项才能参加后序项保险。
